<div dir="ltr"><br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/10/22 Adrián Turjanski <span dir="ltr"><<a href="mailto:adrian@qi.fcen.uba.ar" target="_blank">adrian@qi.fcen.uba.ar</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">High Performance Computing for Biomolecular Simulations<br>
23 de octubre 14hs Pabellón 1 Aula 5 Ciudad Universitaria<br>
<br>
14 a 14:45 Ross Walker.<br>
<br>
Ross C. Walker<br>
PhD, Associate Professor<br>
San Diego Supercomputer Center & Department of Chemistry and Biochemistry<br>
Universidad de California San Diego<br>
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Molecular Dynamics and the GPU Revolution: Sampling for the 99%<br>
<br>
La charla se enfoca en el impacto que las GPUs han tenido en las<br>
simulaciones de Dinámica Molecular. En particular, resalta la gran mejora<br>
de performance que las GPUs ha proporcionado a las simulaciones de<br>
Dinámica Molecular con AMBER. Computadoras de escritorio con GPUs<br>
basadas en NVIDIA Kepler pueden proveer tasas de simulación (para<br>
simulaciones de 25.000 átomos) superiores a los 100ns/día por GPU.<br>
Empleando diferentes técnicas para efectuar mayores pasos temporales y<br>
restringir los grados de libertad, la performance puede exceder los<br>
microsegundos por día. Al mismo tiempo, diferentes enfoques para acelerar<br>
la convergencia permiten usar cientos de GPUs en paralelo.<br>
<br>
15 15:20 Demian Slobinsky<br>
<br>
Dinámica Molecular en FPGA<br>
<br>
Demian Slobinsky<br>
Doctor en física experimental, Universidad de St. Andrews<br>
Bife Supercomputing S.A.<br>
<br>
La Dinámica Molecular y sus métodos han probado ser las herramientas más<br>
eficientes para el modelado computacional de moléculas. En la actualidad<br>
la tecnología estándar utilizada para<br>
cálculo nos permite desarrollar rutinariamente modelado de proteínas en<br>
la escala de los cientos de nanosegundos. Sin embargo, nos encontramos en<br>
el límite donde el poder computacional ofrecido por distintas plataformas<br>
de cálculo comienza a permitir soñar con hacer estudios de la evolución<br>
de proteínas en escalas de gran relevancia biológica, como es el<br>
milisegundo. En esta charla vamos a mostrar los avances realizados en<br>
esta dirección por la empresa argentina Bife Supercomputing donde se está<br>
desarrollando una plataforma de cálculo específica para el modelado de<br>
Dinámica Molecular basada en tecnología de lógica reconfigurable FPGA.<br>
<br>
Invita: BIA: La plataforma Bioinformática Argentina<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Adrian Turjanski<br>Profesor UBA, Investigador Conicet<br>Laboratorio de Bioinformatica Estructural<br>Departamento de Quimica Biologica, INQUIMAE-CONICET<br>
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, UBA.<br>Te: 4576-3378 ext:123 Fax: 4576-3341<br>Cel: 1524551001<br><div>
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