[Todos] Curso corto: Bioinformática

[Irene Loiseau]

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 "De la Bioinformática a la Biología Computacional de Sistemas y
 Sintética"
 Profesor: Dr. Natalio Krasnogor (University of Nottingham, Reino
 Unido).
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Cursos cortos de grado y posgrado
Departamento de Computación,
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Universidad de Buenos Aires
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 Fechas: 5 al 30 de noviembre de 2012.
 Horario: Martes y miércoles de 13 a 17h; consultas de 10 a 11h.
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Objetivos: La bioinformática se encuentra en la interface de las ciencias
computacionales y biológicas. Su objetivo final es facilitar el
descubrimiento de nuevos conocimientos biológicos que permitan crear una
perspectiva global desde la cual se puedan discernir principios
unificantes en biología. La bioinformática ha transformado profundamente
nuestros conocimientos del mundo vivo, sin embargo, carece de las
herramientas necesarias para entender el funcionamiento de sistemas
integrados. Es aquí donde la biología de sistema contribuye a compaginar
un mosaico mas global de cómo las diferentes entidades y procesos
estudiados por la bioinformática generan sistemas biológicos complejos y
de como funcionan estos sistemas. Más recientemente, la biología sintética
ha empujado nuestra capacidad de modelar sistemas biológicos al limite, ya
que trata de establecer metodologías para crear, esto es, para diseñar,
implementar, testear y optimizar organismos vivos con capacidades útiles
para el ser humano.

Este curso le dará al estudiante los conocimientos básicos de biología y
los problemas claves relacionados con el manejo de cadenas de DNA/RNA, la
predicción y comparación de estructuras de proteínas, árboles
filogenéticos, análisis de microarrays, etc. También le presentará al
estudiante una introducción al modelado de sistemas biológicos complejos y
a algunas técnicas utilizadas para diseñar y crear organismos vivos con
características específicas. Se mencionarán también brevemente ciertos
aspectos éticos y legales de la biología sintética.

Puntaje: 2 puntos para la Licenciatura; 2 puntos para el Doctorado (en
trámite).

Carga horaria: Clases teórico/prácticas, 10 horas semanales, 4 semanas.

Horario: Martes y miércoles de 13 a 17h (laboratorio 1); consultas de 10 a
11h.

Metodología y evaluación: El curso especificará un trabajo práctico que
tendrá una componente de investigación y revisión literaria y dos
mini-proyectos.

Prerrequisitos:  Los alumnos deberían tener experiencia programando en
Java, C, Perl, Python o similar. Haber hecho algún curso previo de
algoritmos y/o estructuras de datos para entender mas fácilmente los
conceptos de programación dinámica, árboles y grafos. Idealmente, los
alumnos habrán tomado algún curso de inteligencia computacional, minería
de datos y/o optimización. Sin embargo, alumnos que no tengan estos
prerrequisitos pero que tengan entusiasmo por aprender cómo se ve el mundo
biológico desde la perspectiva computacional podrán también sacar provecho
del curso.


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Programa:

1.Introducción a la Bioinformática
Los bloques constitutivos de la vida: DNA & RNA
Conceptos claves de proteínas
Alineamiento de secuencias de DNA y Proteicas
Predicción de estructuras de proteínas
Comparación de estructuras de proteínas
Arboles filogenéticos
2.Introducción a las Biología Computacional de Sistemas
Análisis de Microarrays
Análisis de redes biológicas
Ejemplos en cáncer y plantas
Modelado Biológico
Biología "Ejecutable"
Ejemplos en plantas y bacterias
3.Biología Sintética Computacional
Biología Sintética "Bottom up"
Relación con orígenes de la vida y vida sintética
Biología Sintética "Top down"
Programación combinatoria de librerías de DNA
Ejemplos de Biología Sintética
Consideraciones éticas

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Nota 1: Algunas de los temas mencionados arriba podrían requerir
(dependiendo de la composición de la clase) cubrir también durante el
curso, a través de una o mas clases, algún material en inteligencia
computacional y/o minería de datos.

Nota 2: Las clases serán dadas en Castellano.

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Inscripción: Por mail, escribiendo a dcosta (at) dc.uba.ar.