[Todos] Seminarios conjuntos DFBMC-IFIByNE- Dra. Verónica Becher (RECORDATORIO)

[LFBM - FCEyN - UBA]

Seminario jueves 7 de mayo, 13 hs. Aula de seminarios del LFBM

Description Dra. Verónica Becher

Título : Repeticiones perfectas en el genoma 
humano, un cómputo exhaustive pero eficiente

Se sabe bien que el 95% del genoma de las 
especies eucariotas consiste de secuencias no 
codificantes, en su mayor parte repetitivas. El 
problema es encontrarlas, caracterizarlas y 
comprender su función. Ya se avanzó mucho en 
identificarlas en el genoma humano, y en los de 
otras especies. Sin embargo, falta un análisis 
cuantitativo exhaustivo. La dificultad es que las 
repeticiones tienen largo arbitrario,  y pueden 
estar arbitrariamente distantes. Y los genomas son muy muy grandes.

Con el grupo Kapow desarrollamos un nuevo 
algoritmo, particularmente eficiente, para
computar todas las repeticiones perfectas en 
secuencias de hasta 500 millones de nucleótidos. 
Esto permite incluir uno o más cromosmomas enteros conjuntamente.

En esta charla contaré el experimento que hicimos 
con el genoma humano: Computamos todas las 
repeticiones perfectas de longitud mayor que 40 
bases, tanto las que ocurren en un cromosoma 
individual como las que ocurren conjuntamente en
dos cromosomas. Dimos estadísticas de cantidad, 
diversidad y frecuencia, mostramos como las 
repeticiones están distribuidas en los 
cromosomas, las identificamos biológicamente, y 
encontramos repeticiones que  actualmente no 
figuran en las bases de datos disponibles. Y para 
mostrar los resultados hicimos dibujos con lindos 
colores. Los mostraré y estaré encantada de que hagan muchas preguntas.


Host: Francisco Urbano/ Alberto Kornblihtt  
------------ próxima parte ------------
Se ha borrado un adjunto en formato HTML...
URL: http://mail.df.uba.ar/pipermail/todos/attachments/20090507/5f323143/attachment.html